Prova ad utilizzare solo il codice dell'esempio di http://www.php.net/header .

Se funziona correttamente, inizia ad aggiungere un po' alla volta il codice aggiuntivo (ftp etc.) fino a che smette di funzionare. In questo modo sarà facile individuare il problema.

P.S.
Tieni conto che il tuo codice NON contiene alcuna gestione degli errori. Se lo script genera un notice, warning etc. questi finiranno nello stream PDF, corrompendolo.