Se quello e` codice HTML, e` un po' errato e obsoleto: ti converrebbe passare ad una sintassi piu` moderna.

Comunque il problema Perl lo risolvi con una RE:
codice:
$str = '<TD align=right>99,0%</td>';
$str ~= /\>(.?+)\</;   # estrae quanto racchiuso tra la prima > e la < successiva
print $1;
$1 ~= s/,/\./;       # converte il numero in notazione inglese
print $1;