prova cosi'
codice:
var colorPalette = document.createElement('<iframe>');
colorPalette.setAttribute('id','color');
colorPalette.setAttribute('src',popupDir + 'select_color.html');

// se devi appendere all' elemento stesso
document.getElementById(id).appendChild(colorPalette);
// se devi appendere al padre dell' elemento di cui hai passato l' id
// document.getElementById(id).parentNode.appendChild(colorPalette);