Dipende , se per reinstallare usi una versione livecd no poichè non puoi evitare la riformattazione dello spazio utente.
Se invece usi la versione con installer classico in modalità testo allora si, perchè come l' installer di debian ti lascia la possibilità di non riformattare le partizioni
Se poi /home invece di essere definita come partizione a se stante è definita come semplice subdir della radice '/' , per mantenere /home intatta devi prima cancellare tutte le directory di sistema lasciando intatta solo /home con tutto il suo contenuto , poi sempre con installazione in modalità testuale pura eseguire la nuova installazione senza formattare la partizione. Come con debian vieni avvisato che potresti avere problemi sovrascrivendo senza formattare , ovviamente dal momento che le directory di sistema le hai già eliminate a manina prosegui ugualmente tranquillo.