ho dato un'occiata al codice ma non ci ho capito niente!
Potrebbe essere che basti inserire i file .js nella pagina
Mi dispiace, dovresti spulciarti tutto il codice e trovare come inserisce il menu nel body.
Il codice html è scorretto e il codice javascript è incasinato e inutile.
Ti consiglio vivamente di creare il menu nel codice html con le liste, nascondere i sub menu con i css e mostrarli o con i css o javascript, così ti capirai meglio tu, posizionerai il menu dove vuoi, il menu funzionerà anche senza js e css. Il tutto lo riesci a fare con 1% di quel codice
ad esempio: http://tutorials.alsacreations.com/deroulant/
Saluti,
Emar