Puoi utilizzare SyncBack, è un programma per gestire i backup, anche attraverso FTP.

Ovviamente il sito (o i siti) FTP che andrai ad aggiornare vanno considerati come se fossero dei drive di backup.

In questo software puoi creare tanti profili di backup identici, tanti quanti sono i siti FTP da aggiornare. In ognuno metterai l'indirizzo e le credenziali necessari.

Poi raggrupperai tutti i profili di backup in un solo gruppo. Eseguendo il gruppo, verranno eseguiti tutti i profili ad esso assegnati. Ovvio che gli aggiornamenti verranno eseguiti in sequenza, ma verranno fatti in automatico.