Si viene cancellato, per questo devi spostarlo prima che lo script termini.

Un'altra cosa mi potresti indicare anche il codice per uploddare fisicamente il file che ho appena recuperato dalla form, cioè fare la connessione ftp con il server del mio dominio e scaricare all'interno di una cartella qusto file.
Controlla la documentazione di move_uploaded_file() su php.net per salvare il file in una cartella del tuo spazio.