Io farei cosi':
farei lo stage del swf più piccolo a 800x600 e posizionerei il contenuto nel punto che voglio. Poi dal swf principale farei il loadMovie come hai fatto tu.


Altrimenti l'alternativa è caricare l'swf più piccolo in un movieclip contenitore che puoi piazzare dove ritieni opportuno

loadMovie("piccolo.swf", movieClipContenitore)