La dimensione della matrice è fissa? Se così fosse potresti usare un semplice fscanf. Le funzioni scanf interpretano gli spazi, come i caratteri fine linea, per separare le variabili.

codice:
fscanf(filein,"%d%d%d%d",matrice[0][0],matrice[0][1],matrice[0][2],matrice[0][3]);
Naturalmente eventuali variabili di iterazione da inserire nelle [].

Ciao