Per prima cosa non capisco perché, dopo avere testato $num_righe, ripeti la stessa query.

Seconda osservazione: visto che stai modificando i dati di un utente, dalla query di controllo devi escludere il suo id, altrimenti rischi di segnalare dati duplicati su quelli che in realtà sono i suoi.

Infine, la soluzione alla tua domanda è di una banalità sconcertante. Tu hai le variabili con i nuovi valori, no? E confrontale con quello che trovi nel db!

Codice PHP:
if ($row['username'] == $newuser)
if ($row['email']== $email)