Succede in qualunque pagina con qualunque ID.. in IE non viene considerato l'effetto. Cmq al momento sto testando su una pagina ridotta all'osso.. posto (non è la pagina di cui parlavo all'inizio e ho anche cambiato sintassi)

HTML
Codice PHP:
<html>
<head>
<title> Flash FullScreen </title>
<link href="style.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<script type="text/javascript" src="mootools.txt"></script>
</head>
<body>


<div id="flash_container">
<embed wmode="opaque" src="flash.swf" width="550" height="400"></embed>
</div>

<div id="html_container">
prova
</div>




<script type="application/javascript">


var fx = new Fx.Style('html_container', 'opacity', {
    duration: 3000, 
    transition: Fx.Transitions.Quart.easeInOut,
    wait: true
});

fx.start(0);


</script>




</body>
</html> 
CSS
Codice PHP:
#html_container {
    width:500px;
    height:500px;
    background-color:#0033CC;
    position:absolute;
    left:100px;
    top:100px;
    z-index:9999;
}

#flash_container {
    z-index:1;
}