Evidentemente FindFirstFile e FindNextFile non riconosce eventuali modifiche fatte a file e cartelle, una volta "partiti" con la ricerca (e cio è con FindFirst, che restituisce l'Handle con cui continuare).

Dunque, o dopo lo sleep devi ricominciare la ricerca daccapo, o puoi cercare di capire solo le modifiche effettuate ai file dal tuo sleep in poi, con FindFirstChangeNotification.

Comunque potresti indentare un pò il codice.