io mi ero sviluppato una soluzione in C#/PHP, la prima parte andava installata sul Client dove risiedeva lo scanner, mentre la seconda erano un set di pagine in php che si interfacciavano con il client per effettuare la scansione

se vuoi un consiglio limitati a permettere l'upload di più documenti tramite una pagina web, i sistemi di scansione integrati, se non sono fatti bene, limitano l'utente ad utilizzare specifiche versioni di browser o a fare strani rigiri per rendere funzionante il sistema