aggiungi una tabella con id_user, id_link, ed id_order , tutti INT(10) UNSIGNED NOT NULL

key (id_user, id_link)

lasci tutto com'è ... salvi i links in un array usando la chiave

while($row = mysql_fecth_assoc($query))
$link_list[$row['id_link']] = $row;

dove la query sarà il risultato per mostrare i link ... tipo
SELECT id_link, url FROM tabella WHERE id_user = $uid

aggiungi una sola query

SELECT id_link FROM tabella_order WHERE id_user = $uid AND id_link IN(array_keys($link_list)) ORDER BY id_order ASC

nel while($row = mysql_fetch_row($query)) crei la lsita links semplicemente scrivendo qualcosa tipo echo $link_list[$row[0]]['url'];

e il gioco è fatto ... ovviamente il tutto si complica, pur seguendo una logica analoga, se vuoi anche raggruppamenti per tipo