Ciao!
PArto da una considerazione:
la classe xsltTransofrm è obsoleta, bisognerebbe usare XsltCompiledtransform.

posto questo,
puoi usare un' altra variante del metodo Transform,
che prende tre parametri:
il primo è un oggetto IPathNavigable: va bene un qualsiasi XmlDocument (che rappresenta il file da trasformare)
il secondo è una XsltArgumentList: se non hai esigenze particolari, puoi passare null
il terzo è un qualsiasi Stream: lui andra' a scrivere in questo stream.
alla fine della trasformazione, potrai LEGGERE dallo stream appena scritto.

Spero di esserti stao di aiuto!