Non puoi usare document.write() in una funzione...
codice:
  function getOra() { 
        ora = new Date (); 
        var hh = String(100+ora.getHours()).substr(1); 
        var mm = String(100+ora.getMinutes()).substr(1); 
        var ss = String(100+ora.getSeconds()).substr(1); 
//        document.write(h + ":" + mm + ":" + ss);
        ora.innerHTML = hh + "." + mm + "." + ss; 
        setTimeout("getOra()", 999); 
      }
ciao