Beh..... il tuo post presenta diverse domande e nessuna delle tante si può racchiudere in poche righe di risposta.
Cercherò di darti delle indicazioni.

1.
Se nella tua homepage prevedi di inserire degli script che si interfacciano con il DB o comunque dei campi dinamici, allora devi usare l'estensione .php, altrimenti puoi tranquillamente usare la .html.

2.
CREATE DATABASE nome_db prima, CREATE TABLE nome_tabella, seguita dalla descrizione dei campi, poi.
Ti rimando alla Guida PHP/MySql pratica presente in questo sito. È scritta in maniera piuttosto semplice, ma ti aiuta a capire i meccanismi.

3.
Per popolare una tabella di un DB per un sito, ti devi programmare una sezione di amministrazione protetta da password. Nella sezione di amministrazione metterai tutti gli script necessari per popolare le tabelle.
Nella guida che ti ho segnalato qui sopra, troverai un metodo per creare un gestore di News piuttosto semplice, ma ripeto: a te serve capire il meccanismo prima di tutto!

4.
Ci sono differenti metodi, ti illustro quello che di solito seguo io. Ce ne sono di migliori, ma sono sicuro che è il più semplice da capire.
Preparo il template in puro HTML, poi inizio a spezzettare il codice ed inserisco il tutto in una pagina, che per esempio chiarmerò layout.php, che contiene delle funzioni. In ogni pagina .php dove necessito di quel template, richiamo layout.php con un include().
Una volta fatto questo, non mi resta che richiamare le funzioni presenti in quella pagina.
Un esempio di quello che sto dicendo (se non erro) dovrebbe essere presente nella guida che ti ho segnalato.

Buon Lavoro!