Dipende dal fatto se vuoi usare javascript puro oppure AJAX.

Nel primo caso non so darti consigli, come hai detto tu si da per scontato che la chiave sia univoca e si ragiona di conseguenza. Dovrai quasi sicuramente adattare qualcosa di gia' pronto.

Ma nel secondo caso il calcolo degli elementi del secondo menu viene fatto lato server. Quindi se trovi dei menu fatti in AJAX devi solo modificare la query lato server che ti da l'elenco delle voci da inserire nel secondo menu'.

La cosa dovrebbe quindi risultarti piu' facile.

[OT]
Rimane comunque il consiglio di non gestire le tue tabelle coi campi separati da virgole ma di creare un'apposita tabella.
[/OT]