è l'ultima virgola che ti frega... o elabori la stringa eliminandola o metti un controllino tipo questo

$pezzi = explode(",", $orderString);
foreach ($pezzi as $key => $value) {

if( strlen( $value ) > 0 ) {
$sql = "SELECT * FROM immagini WHERE ordine =" . $value ;
$rsINT = mysql_query( $sql,$link ) or die( mysql_error() );
if ( mysql_num_rows( $rsINT ) == 0 ){
$modifica="UPDATE `immagini` SET `ordine` = '$value'";
$modifica=mysql_query($modifica, $link);
}
}
}