Ho provato anche con exec("/usr/bin/convert test.jpg test.bmp"); in quanto ho visto che convert sta in /usr/bin. Ma neppure così funziona e la pagina rimane bianca senza restituire errori.
Se può servire ho provato anche questo:

passthru ("/usr/bin/convert test.jpg test.bmp",$risultato1);
passthru ("/usr/deposito/ImageMagick-6.3.2/convert test.jpg test.bmp",$risultato2);

che restituisce $risultato1 = 1 e $risultato2 = 127 (non conosco il significato di questi due risultati)