I frame e iframe e sempre meglio evitarli, ma ci sono casi che sono molto utili e semplificano il lavoro, pertanto è meglio evitarli ma non bandirli.

Per la compatibilità, generalmente nel fare un progetto si ci basa su FF poi si adatta per IE in generale con i commenti condizionali; nel tuo caso visto un codice un po caotico il consiglio è difficile se non impossibile.

Molte volte conviene riscrivere tutto da capo seguendo una logica e delle regole, senza prendere un pezzo di qua e uno di là, perchè poi il risultato è quello che tu costati, naturalmente la cosa più importante è avere anche qualche base di programmazione