Se la partizione/cartella non è visibile, nessuno può cancellarla perché non sa che c'è...
Tu potrai accederci tramite Oscur, tipo quando entri in un archivio compresso con Winzip, solo che non metterai il percorso della cartella, ma una password che il programma associa alla cartella che hai nascosto.
Poi tramite Oscur puoi estrarre i file e gestirli.

Oscur non è specifico per le pendrive ma puoi usarlo, a lui non importa se la cartella sta in C:, F: o Z: ...