Direi che, anche se non c'entra nulla con php, dovresti guardare l'SVN (anche TortoiseSVN come client) e il mio articolo su html.it cosi ti faciliti il lavoro

Ci sono per la precisione due articoli che puoi trovare qua:
http://server.html.it/articoli/leggi...-applicazioni/

e qua:
http://server.html.it/articoli/leggi...di-subversion/