Ma perché non usate mai l'apposito Tag per il codice?

Comunque, spero di riuscire a darti una mano.

Codice PHP:
$SQL="
INSERT INTO fatture (Modalita_pagamenti_idModalita_pagamenti,
idOrdine,
desc_fatture,
data_Fatture,
IVA_fatture,
totale_fatture,
idCliente,
stato,
idAgenzia,
idAgente,
perc_agente,
comm_ar,
comm_ac) 
VALUES ('$modp',
'$idordine',
'$desc1',
'$da',
'$totaleiva',
'$totale',
'$fatturare_a',
'$s',
'$age',
'$idAgente',
'$percentuale',
'$comm_ar', 
'$comm_ac')
"; 
La prima cosa che mi salta all'occhio è: il primo nome colonna che hai messo è davvero Modalita_pagamenti_idModalita_pagamenti così come lo hai scritto te?
Secondo appunto: non hai bisogno di mettere il ". variabile ." per concatenare le variabili alla stringa.
Prova a riscrivere la query come te l'ho scritta io e vedi se il nome della colonna è corretto, eventualmente posta di nuovo!