Che mi risulti i commenti condizionali sono accettati da IE5 in poi.
Pero` occorre verificare quale versione esatta di IE hai (come risponde il browser quando gli si chiede la versione).

Prova con
<!-- [if lt IE 7]>
che significa: "le versioni di IE inferiori a 7"
Questo dovrebbe prendere tutte le versioni 5, 5.2, 5.5, 6 , anche se il browser rispondesse con versione 6.02

E se ancora non funziona,
sposta il CC dentro il body, e mettici qualcsa che venga visualizzato, tipo:
<!-- [if lt IE 7]>

questo testo lo legge solo IE inferiore al 7</p><![endif]-->
A quel punto puoi giocare con i gt, gte, lt, lte e vedere subito e con certezza cosa passa e cosa no.