ho risolto....
una volta caricato l'html da ajax e avero "innestato" nella pagina chiamante, riinizializzo la libreria lightbox questa maniera.

questa è la pagina (project_view.php) che viene chiamata da ajax, dove costruisco la gallery che pongo dentro un div con id #gallery appunto
codice:
        <div id="gallery">
            <?
            $i=1;
            $allowed_types = array('png','jpg','jpeg','gif');
            $dir=$_GET["sub_dir"];
            $dir="../img/prj/$idProgetto/small";
           $d=opendir($dir);
           while ($file = readdir($d))
           {
               if(!is_dir($file)){                   
                  echo "
                            <a rel=\"lightbox\" href=\"./img/prj/$idProgetto/big/$file\" title=\"\">
                                <img src=\"./img/prj/$idProgetto/small/$file\" alt=\"\" />
                            </a>
                        ";
                  $i++;
               }
           }
           closedir($d);
            ?>           
        </div>
questo è il codice della pagina che effettua la chiamata ajax
codice:
<script type="text/JavaScript" language="javascript">
 $(document).ready(function(){
    $(".prj_lnk").click(function(){
        var id = $(this).attr("id").toString().split(":")[1];
        //alert(id);
        $.ajax({                
            type: "GET",
            url: "mod/project_view.php",
            data: "id="+id,
            cache: false,
            success: function(html){
                $("#prj\\.entry\\[" + id + "\\]").append(html);
                $("#prj\\.entry\\[" + id + "\\]").show("slow");

                $.scrollTo( "#prj\\.entry\\[" + id + "\\]", 800);
                $('#gallery a').lightBox(); //inizializzo la lightbox nel div gallery creato nella project_view.php
            }
        });
    });     
 }); 
</script>
E' reperibile una documentazione approfondita su jQuery in italiano o mi devo rassegnare a imparare l'idioma dei sassoni???