Ciao

Premetto che non ho letto/controllato/provato lo script che hai postato... troppo lungo e impegnativo...
Comunque dato che parli di problemi di percorsi e di swf caricato in un contenitore, prova con la proprietà _lockroot.

Ad esempio puoi inserirla nel primo frame dell'swf che viene caricato... se non sbaglio "section1"..
Dovrai inserire questo:
codice:
this._lockroot = true;
Per questo genere di problema solitamente funziona.