Così su 2 piedi io inizierei con un pò di debug del tipo
Codice PHP:
echo mysql_num_rows($result); 
e poi eviterei, almeno nella fase di debug, di utilizzare lo stesso nome per il file .sql, non so aggiungici un contatore che incrementi ad ogni ciclo, evita di cancellare il file e così verifichi se sono stati importati x files quante sono le righe interessate.

PS. WHERE 1 nella query a che ti serve?