solo che i file bin sono chiamati con nessun riferimento al sito
Gli assemblies di default vengono generati con il nome del progetto, non capisco dov'è il problema. Avresti pippo.dll e topolino.dll.

Se vuoi cambiare i nomi, basta fare tasto destro sul nome del progetto nel Solution Explorer in Visual Studio, e vederne le proprietà.

In Proprietà comuni / Generale c'è il nome dell'assembly generato ed il nome del root namespace