Beh..... nel DB puoi tranquillamente salvare la stringa alfanumerica con la quale YouTube identifica ogni singolo video.
Nella pagina PHP che visualizzerà il viedo, invece, non devi fare altro che andare a recuperare questa stringa dal DB ed inserirla nel classico codice si usa per visualizzare qualsiasi filmato flash.

Insomma, se l'indirizzo del video in YT è http://www.youtube.com/watch?v=Qim7sS8-_OM, nel DB salvi solamente la stringa Qim7sS8-_OM.

Nella pagina (esempio) visualizza_video.php vai a mettere la seguente stringa:

Codice PHP:
$video = "xxx"; // stringa recuperata dal DB
echo "

<object width=\"425\" height=\"355\">
<param name=\"movie\" value=\"http://www.youtube.com/v/$video=en\"></param>
<param name=\"wmode\" value=\"transparent\"></param>
<embed src=\"http://www.youtube.com/v/$video=en\" type=\"application/x-shockwave-flash\" wmode=\"transparent\" width=\"425\" height=\"355\"></embed>
</object>
"; 
Non è certo il metodo migliore, ma di sicuro è efficace.