Forse ho risolto, ora si chiuden non so come ho fatto ho inserito la parte in rosso, come mai? VVoVe:

//Chiude automaticamente finestra popup"
function apriGuest(){
var chiudiFinestra=window.close();
}
function closePopup(){
var chiupop=window.setTimeout('apriGuest(apriGuest )',3000);
}

...ma anche senza il rosso, ho notato.