Allora ho trovato una soluzione, ma se qualcuno ha di meglio si faccia avanti..

allora ho inserito l'alert in una pagina php con intestazione

header('Content-type: text/html; charset=utf-8');

quindi ho inserito il file php nella pagina php così

<script language="javascript" type="text/javascript" src="alert.php"></script>

ora funziona bha?!?!?