CIAO!
forse ho capito:

apri IIS
seleziona la tua applicazione e vai su proprieta
troverai un tab ASP.NET
troverai una combo, con accanto la label: SELECT ASP.NET VERSION; seleziona la piu recente. Solo sii paziente, potrebbe essere una operazione non velocissima, quindi se pensi che si sia schiantato tutto non e' cosi!!

spero di averti aiutato!