Mi sa che le idee un po' confuse le abbia tu, se installi linux e poi vuoi installare Windows devi per forza di cose trovare un modo per dividere le partizioni e i tools di linux oltre a creare partzioni ne generano automaticamente il file system Ext3 e Swap.
Una volta lancianta l'installazione di Windows 2000, fase iniziale, i 4 dischetti, si possono anche gestire le partizioni peccato che windows sia un sistema anarchico e al di fuori di se e dei suoi fratelli non riconsoce nulla, infatti una volta entrati nella gestione partizioni lui tutte quelle create e gestite sotto linux le identifica come sconosciute e non permette di alterarne dimensioni o struttura di file system

Ciao