In teoria potresti modificare la proprietà fileName del tag param:
codice:
function cambiaFileName(IDoggetto, nomeFile) {
  var param = document.getElementById(IDoggetto).getElementsByTagName("param"),
       i = param.length;
  while(i--) {
    if(param[i].name == "FileName") {
      param[i].value = nomeFile;
      break;
    }
  }
}
In pratica c'è una grande probabilità che questo codice fallisca in molti browser. Potresi perciò usare innerHTML:
Codice PHP:
function cambiaFileName(IDoggettonomeFile) {
  var 
obj document.getElementById(IDoggetto),
       
parent obj.parentNode,
       
content XMLSerializer ? (new XMLSerializer).serializeToString(obj) : obj.outerHTML;
  
parent.innerHTML content.replace(/name=["']?fileName["']?\s*value=["'][^"']/i, "$1" + nomeFile);

Per rendere tutto più semplice metti il tag object dentro un div. Occhio che non ho provato