Mi sembra evidente che la "pulizia" ha un po' esagerato, ma se hai degli importantissimi dati avrai anche il backup, non vedo il problema
Sui servizi di windows non saprei darti una mano, alla peggio reinstalla mysql e ricarica il backup. Se accidentalmente dovessi averlo perso , puoi sempre provare a copiarti la directory dei dati (sperando che avessi solo tabelle myisam perché sull' innodb non sono sicuro che funzioni) e dopo avere reinstallato (rigorosamente la stessa versione) sostituisci la directory dei dati appena installata con quella che ti sei salvato.