Perfetto..modificandolo come mi hai suggerito funziona perfettamente..
Ci avevo fatto caso leggendo la documentazione della sun sull'esistenza della classe TimeZone ma non avevo capito bene come funzionase. Ti ringrazio veramente tanto. Di seguito lo posto così qualora servisse a qualcuno può trarne spunto. Grazie.

import java.util.Date;
import java.util.GregorianCalendar;
import java.util.TimeZone;

public class DateDiff2
{
public static void main (String args [])
{
TimeZone gmt = TimeZone.getTimeZone ("GMT");
GregorianCalendar a = new GregorianCalendar(2000, 0, 1,12,0,0);
a.setTimeZone (gmt);
Date d1 = a.getTime();
GregorianCalendar b = new GregorianCalendar(2000,3,25,12,0,0);
b.setTimeZone(gmt);
Date d2 = b.getTime();
double diff = d2.getTime() - d1.getTime();
System.out.println(diff/(1000 * 60 * 60 * 24));

}
}