IMHO la via più efficace è:

1. Cerchi un fornitore di hosting/housing affidabile.
2. Ti acquisti un pannello di amministrazione tipo Plesk che fornisca tutta la gestione extra sito web (es. email, etc.).
3. Messi su una piattaforma stile CMS diviso in lato client (la parte che "renderizza il sito") e lato server (la parte di amministrazione).
4. Sui vari domini installi il lato client e sul sito di amministrazione la parte lato server.

Per maggior sicurezza, ogni cliente dovrebbe avere un suo database (in modo da poter gestire il backup e le procedure di ripristino in modo slegato per ogni cliente).