Credo dovresti avere un sistema operativo "visibile" nell'hd usb (cioè che viene riconosciuto e selezionabile all'avvio), sennò il sistema da cui digiti "regedit" ti carica ovviamente il proprio..

Prova a partire da CD/DVD (mettendo il drive come first boot dal BIOS) e inserisci il disco del sistema operativo che hai sull'hd usb nel drive.