quello che richiedi tu è uno style switcher, che in base alla selezione dell'utente imposta al tuo documento html il corrispondente file.css, uno per ogni colore di layout.
Per far questo puoi utilizzare javascript o un linguaggio server side con cookie o sessioni.
Visto che siamo sul forum javascript ti posto un esempio preso da Alistapart: styleswitcher.js
in realtà ho realizzato uno script simile (ispirandomi a un altro metodo) per il mio blog che non ho ancora pubblicato: solo che usa un solo foglio di stile e usa solo classi css per modificare i colori e la grafica del template (link). Solo che il mio script l'ho sviluppato con prototype, quindi devi includere anche questa libreria. Se vuoi ulteriori informazioni chiedi.