Devi eliminare il file exe dalla lista dei file da installare.
E' da moltissimi anni che non lo uso più, onestamente non ricordo più quale sia il file... Forse il Setup.lst, ma non garantisco...

Se tu usassi un installer moderno (cosa che raccomando caldamente) ti basterebbe selezionarlo grazie all'interfaccia grafica dall'elenco a video e fare 'cancella'.
Il vetusto ed inadeguato tool di VB6 te lo sconsiglio, ma veramente , perchè non è più al passo coi tempi e crea spesso un sacco di problemi.

In sua vece, ad esempio, puoi utilizzare il tool freeware Cyber Installer Suite .
http://www.silvercybertech.com/italian/index.html

oppure un'altro ottimo freeware

InnoSetup
http://www.jrsoftware.org/isinfo.php

Non ha però l'interfaccia grafica, per questa dovrai scaricarti l'apposito ISTool .

Ciao