Beh il codice fondamentalmente è quello che ho postato, e facendo varie prove ho visto che con object type="video/x-ms-wmv" legge wmv ma anche mpeg e mov (quicktime). Non capisco perchè, ma tanto meglio.
Invece per leggere i flv ho caricato mediaplayer.swf sul server e uso questo codice

<object data="http://localhost/mediaplayer.swf?file=http://localhost/get_video.flv" type="application/x-shockwave-flash" searchbar="0" align="middle" width="320" height="240">
<param value="http://localhost/mediaplayer.swf?file=http://localhost/get_video.flv" name="movie" />

Ho problemi, invece, con gli avi, ma non è importantissimo.

Puoi darmi qualche dritta su come riconoscere il tipo di file caricato con php (a parte la cosa ovvia di controllare l'estensione del file?).

Grazie,

Filippo