Quindi intendi chiedere come gestire connessioni diverse in uno stesso script php?

Semplicemente cosi:
codice:
$host="localhost";
$db="db_1";
$user="root";
$pass="pw";
$link1 = mysqli_connect( $host, $user, $pass, $db )
  or die("Impossibile connettersi al Database - db_1");

$host="localhost";
$db="db_2";
$user="root";
$pass="pw";
$link2 = mysqli_connect( $host, $user, $pass, $db )
  or die("Impossibile connettersi al Database - db_2");


$query1 = "SELECT * FROM table_1_indb1";
$query2 = "SELECT * FROM table_1_indb2";
mysqli_query  ($link1, $query2);
mysqli_query  ($link2, $query2);
(i nomi delle tabelle sono fittizi, e non hanno a che far econ la scelta della connessione).

ciao