database ha due significati, uno identifica il server che implementa le funzioni atte a creare, modificare, cancellare e organizzare una aggrregazioni di dati (per cui si dice che mysql o oracle è un database), l'altro è l'insieme di una o più tabelle correlate logicamente (per cui io posso avere un database che ho chiamato anagrafica dove risiederanno le tabelle relative all'anagrafica dei fornitori, clienti, banche etc)..
Mysql server crea una directory che in molti sistemi linux si trova in /var/lib/mysql, questa directory non ha un limite fisico se non legato allo spazio fisico che il tuo file system ha dedicato a questo compito.
All'interno di questa directory mysql nel momento in cui crei un nuovo database (aggregazione omogenea di tabelle) crea una nuova directory che ha lo stesso nome che hai assegnato al database, anche questa directory non ha limiti imposti dal server mysql.
Le tabelle che crei all'interno del tuo database andranno tutte a posizionarsi nella directory corrispondente a questo database, una tabella corrisponde ad uno o più file. I limiti di questa tabella e il numero di file associati alla tabella dipendono dalla versione che hai installato di mysql, per questo ti devi riferire alla documentazione esaustiva che trovi online.
ciao
sergio