Sto cominciando a pensare a qualche file corrotto.
Il fatto è che non esistono settaggi da impostare per l'output di pdf o eps che possano creare questo tipo di problemi, a parte forse un downsampling selvaggio, che mi pare comunque tu abbia impostato correttamente.
Hai provato ad aprire un nuovo file, metterci due o tre forme riempite con gradienti lineari e provato a convertire di nuovo?
Non vorrei che ci fosse qualcosa di strano nel file in cui stai lavorando, è giusto per vedere se è quello o il programma stesso che ha qualcosa di corrotto.