La cartella "src" come è facile intuire dal nome, contiene i sorgenti (in inglese, sources: src).
L'altra, "lib" dovrebbe contenere effettivamente il JAR con i compilati che è ciò che serve a te.

Per importare la libreria si utilizza sempre la direttiva import seguita dal full qualified package name (il nome del package assoluto), che solitamente è com.lowagie.text.* oppure (per i PDF) com.lowagie.text.pdf.*;


Ciao.