vedo che si apre il terminale( già questo è strano) e dopo una frazione di secondo sparisce (come un flash)
Questo non è strano per niente, la funzione system non serve per lanciare eseguibili, ma per passare una stringa all'interprete dei comandi (su Windows solitamente cmd.exe o command.com), quindi è normale che compaia per un momento la finestra.
non parte niente
Questo è più strano; comunque per lanciare eseguibili ti conviene usare le API apposite come la CreateProcess se lavori con le API di Windows.