premesso che a te spetta la decisione di usare o meno un metodo di criptaggio, a mio avviso potresti essere penalizzato.
"Voci di corridoio" infatti dicono che l'utilizzo di js per questo scopo non aggrada ai MdR, ragion per cui potresti essere penalizzato da un punto di vista dell'indicizzazione.

Volendo fare riferimento al tuo paragone,
a me da fastidio se mi costrisco un mobile per il soggiorno e qualcuno me lo ruba eppure non ho inventato ne il martello, ne la sega ne la pialla!
avrebbe senso se chi ti copia si prende "tutto" il sito o gran parte (il tuo bel mobile intero), e ciò include non solo il codice, ma anche la grafica ed i contenuti.
L'html è un linguaggio pubblico per definizione; e dubito tu riesca ad inventarti qualche tag nuovo [sempre che non sei nel gruppo di sviluppo del W3 a definire le specifiche, si intende]
Al massimo potrei comprendere la tua esigenza a livello di programmazione vera e propria (ma qui poi non è più html), ma secondo me già se ti tuteli con disclaimer & raccomandata dei sorgenti a te stesso, saresti anche a posto.



ps. ovviamente, è un consiglio ed un parere, poi sta a te