Ok..
Diciamo che hai messo tutto nella root del tuo spazio ftp.

E' inteso che non hai bisogno di avere dei duplicati del file swf, ma deve essere solo uno che sarà richiamato in diverse pagine.
Quindi possiamo dire che avrai più istanze della galleria (ovvero del file swf).
Ad ogni istanza dovrai passare il riferimento (url) del file xml che vuoi far "leggere".

I contenuti (immagini e i file xml) delle 2 gallerie, li puoi disporre in 2 cartelle diverse.

Quindi potresti avere una situazione del genere.

codice:
+ root (cartella principale)
   + contenuto_gallerie
      + galleria_1
         - dati.xml
         - img11.jpg
         - img12.jpg
         - img1n.jpg
      + galleria_2
         - dati.xml
         - img21.jpg
         - img22.jpg
         - img2n.jpg
   - pagina_1.html
   - pagina_2.html
   - xmlGallery.swf
Quindi avrai sulla root una cartella generale dei contenuti delle gallerie, le due pagine html e il file swf.
Dentro la cartella dei contenuti avrai altre due cartelle, una per ogni galleria, in cui saranno presenti il relativo file xml e le immagini.

Il codice html per includere la galleria sulla prima pagina sarà questo:
codice:
<div id="flashcontent">Contents will be replaced with flash</div>
<script type="text/javascript">
var so = new SWFObject("xmlGallery.swf", "gallery", "100%", "100%", "6", "#FFFFFF");
so.addVariable("file_to_load", "contenuto_gallerie/galleria_1/dati.xml");
so.write("flashcontent");
</script>"
Nota il riferimento del file xml.
La galleria andrà quindi a pescare il file dati.xml che sta dentro la cartella "galleria_1", che a sua volta sta dentro "contenuto_gallerie"

Per la seconda pagina (pagina_2.html) avrai un codice praticamente uguale ma in cui cambierà solo l'url del file xml:
Il codice html per includere la galleria sulla prima pagina sarà questo:
codice:
<div id="flashcontent">Contents will be replaced with flash</div>
<script type="text/javascript">
var so = new SWFObject("xmlGallery.swf", "gallery", "100%", "100%", "6", "#FFFFFF");
so.addVariable("file_to_load", "contenuto_gallerie/galleria_2/dati.xml");
so.write("flashcontent");
</script>"
In pratica andrà a pescre il file xml dalla cartella "galleria_2"

Il fatto che ho utilizzato lo stesso nome per i file xml è solo una convenzione..
Potrai utilizzare qualsiasi nome per il file xml, a patto che poi specificherai l'url corretto.

Ovviamente all'interno dei file xml, per i riferimenti delle immagini dovrai utilizzare lo stesso sistema..

Ad esempio per la prima galleria avrò un xml del genere:
codice:
<pic image="contenuto_gallerie/galleria_2/img11.jpg" />
<pic image="contenuto_gallerie/galleria_2/img12.jpg" />
<pic image="contenuto_gallerie/galleria_2/img1n.jpg" />
Spero ti sia un po' più chiaro ora.