Potrebbe dipendere dal valore id dei div che utilizzi per mostrare i vari swf.
Il valore id deve essere univoco quindi dovrai mettere un valore diverso per ogni div e riportare lo stesso valore nelle relative funzioni javascript..

Ad es.:
codice:
<div id="contenutoflash1">
  This text is replaced by the Flash movie.
</div>

<script type="text/javascript">
   var so = new SWFObject("movie.swf", "mymovie", "400", "200", "8", "#336699");
   so.write("contenutoflash1");
</script>
Quindi se avrai più oggetti flash dovrai assegnare degli id differenti su ogni div.